Normalmente, cuando aparece un fantasma, la estrategia habitual de Shaggy es esconderse y quedarse acurrucado en un rincón. ¡Pero eso no le va ayudar en esta ocasión! No cuando el Átomo encoge a Scooby-Doo y Misterios S.A. a un tamaño subatómico, empujándolos a un mundo lleno de maravillas, ¡e igualmente embrujado!